将 Zotero 和 Obsidian 结合起来，实现文献阅读、管理、内化的全流程闭环。

一直以来，文献的阅读、做笔记和归纳输出都比较分散，找不到比较好的工作流程能够将这些过程有效整合起来。最近在 YouTube 上看到一些介绍使用 Zotero 和 Obsidian 进行文献阅读、笔记整理的视频，觉得很有启发，于是就顺手改造了一下自己的文献阅读流程。

想要实现的功能

  • 在 Zotero 中管理、阅读文献，在 Obsidian 中进行处理、加工以及整理为可供利用的「永久笔记」
  • 利用云同步，可以实现在移动端如iPad 上进行阅读、高亮和注释，再在电脑上进行笔记的导出
  • 利用 Zotero 进行 pdf 中高亮的导出，自动同步到 Obsidian 中，同时保留相关的文献信息，可以直接在Obsidian中打开对应的 pdf 文件

实现的思路

实现的方法是通过 Zotero 插件 Zotfile、Md notes和Better BibTex。Zotfile 可以将 pdf 文件中的高亮和注释导出为笔记附件，Md notes 可以按照模板将记录的元信息、笔记等内容以 Markdown 格式导出为文件，而 Better Bibtex 插件可以将 Zotero 文献库导出为可以直接被 Obsidian 识别的格式，从而实现在 Obsidian 内部进行引用。

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Zotero 及其插件的安装

在 Zotero 官网 可以下载不同平台的安装包，目前已经支持 Windows、 MacOS、Linux，iOS 版本也在内部测试中。安装完成后，需要建立一个参考文献库，之后就可以往文献库中添加不同类型的参考文献了。除了传统的将 pdf 文件拖入 Zotero 的导入形式外， Zotero 的浏览器插件使用体验也非常不错，在浏览器对应的扩展商店即可安装，如 Edge 。浏览器插件可以直接将网页保存至Zotero 并自动识别网页的字段，如作者、摘要、url 等。如果是豆瓣书籍页面，保存至 Zotero 会自动将其识别为书籍，并导入书籍的作者、出版社、出版时间、书籍介绍甚至是豆瓣标签等，非常方便。

在工具 → 插件 中可以进入 Zotero 的插件管理界面，由于 Zotero 是开源软件，因此诞生出了非常多的第三方插件，其中有的是增强了软件的功能，有的是为了解决特定的需求，还有一部分是为了与其他软件如 Obsidian、RoamResearch 等进行联动。这里要介绍的分别是 BetterBibTeX 、Zotfile 、Mdnotes 三个插件。

Zotero 的插件在官方的插件市场中可以查询到。安装方式是在对应的插件下载界面下载 xpi 格式的文件，再在插件管理界面的右上角点击设置→ Install Add-on from Files， 选择需要安装的插件文件即可安装。一般需要重新启动软件才能使用新安装的插件。等以上三个插件安装完毕后，需要对一些参数进行设置方可成功运行。

Zotfile

在工具→ Zotfile preference 中打开设置界面。

  • 自动导入下载文件夹中的文献

这点类似于 EndNote 中的自动导入，Zotfile 会自动识别指定文件夹下的文件，会将新的文件自动导入 Zotfile 中，省的每次需要手动拖入。

  • 和 iPad 进行联动

虽然目前 Zotero 并没有移动端，但是 Zotfile 提供了一个折中的方案，可以实现在 IPad 上进行阅读和批注，再回传到 PC 端，最后同步至原文献题录中。

点击需要发送到 iPad 上的文献，右键 Manage Attachments → Send to Tablet，会将 pdf 文件复制到制定的文件夹，这时候需要选择一个云端的文件夹以保证文件在 iPad 端和 PC 端的同步。

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将 pdf 文件发送到 iPad 端后会在 Zotero 中形成一个搜索结果文件夹Tablet Files，以后所有发送到 iPad端的文献都会在这里显示。在iPad 上打开对应云服务的文件夹，就可以发现选定的 pdf 文件，再利用 PDF Expert 之类的PDF阅读和批注软件，就可以在 iPad 上阅读文献，不过由于 Zotfile 只能提取高亮和注释文本，手写的批注是无法被识别的。在 iPad端上修改的文件会从 Tablet Files 移动到 Tablet Files (modified) 搜索结果文件夹中，这时候选中右键点击 Manage Attachments → Get from Tablet 就可以用修改后的 PDF 文件代替原记录下的文件，且可以设置是否自动将高亮和注释提取为笔记文件。

Mdnotes

在 工具→ MDnotes preference 中打开设置界面。

可以设置导出的 markdown 文件的名称是否选择item’s citekey（Better BibTex插件中可以设置）；可以设置将提取的笔记以单独的文件或独立的文件形式导出，一般这里选择 SIngle file，这样所有的高亮注释都会出现在同一个笔记中。之后是两个文件位置，分别是笔记导出的位置和模板所在的位置。

笔记导出的位置可以直接选择 Obsidian 的文件夹，这样笔记导出后就会直接存在于Obsidian 中，而且由于是Markdown格式，可以无缝衔接。模板的位置可以任意选择，注意模板的名称即可，默认应该为 Mdnotes Default Template。

Better BibTex

在编辑→ 首选项 → Better BibTex 中打开设置界面。

  • Citation keys

    可以设置Citation key 的格式，相当于参考文献的识别码，一般可以参照文章中的作者+年份的格式，这样既避免了标题过长，也可以在其他文献中以[[作者-年份]]的格式建立双向链接。

实际文献阅读记录导出流程

文献阅读

按照以上的设置后，文献的阅读直接利用 PDF 阅读器就可以了，PC上可以选择 Adobe Acrobat Pro，iPad 上可以选择 PDF Expert，或者其他可以进行文字高亮和注释的软件都行。

由于 Zotfiie 会将 PDF 文件中的所有高亮和注释均以笔记的形式导出，所以在阅读做笔记的过程中，建议不要随便高亮。最好能够高亮一些完整的句子或者段落，尽量避免单个单词或者词组。这样在导出后可以完整地获得原文的信息，而不是一两个关键词，失去了上下文，靠一两个单词是无法会想起当时自己的想法的。

文献高亮和注释的导出

文献阅读结束后，首先在 Zotero 中进行高亮和注释的导出，即右键 Manage Attachments → Extract Annotations，等待插件运行，即可得到一个笔记形式的附件，名称为 Extracted Annotations (导出时间) 。

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导入Obsidian

理论上有两种方式可以将高亮和注释导入到 Obsidian中。

  • 直接通过 Mdnote 生成 Markdown 格式的笔记，保存在 Obsidian 对应的文件夹下

    首先我们需要设置好 Mdnote 导出笔记的模板，以下是示例：

    
{{title}} 

<cite>{{author}}</cite>

{{date}}

{{tags}}

{{url}}

{{localLibrary}}

{{pdfAttachments}}

---

{{notes}}

    title 是文献的标题，author 是作者，date 是发表日期，tags 是文献的标签， url 对应了文献的网址。

    localLibrary 可以直接打开 Zotero 中的文库，而 pdfAttachments 可以直接打开文献的 PDF 文件。 notes 为上一步中导出的PDF文件中的高亮和注释。最终实现的效果如下。

    image-20211025185131056

    得益于 Zotfile 的导出功能，每一个文件的高亮和注释都带了一个超链接，点击这个超链接可以直接定位到PDF 文件中的对应位置。这样在之后的回顾过程中，如果需要结合上下文进行理解，也可以直接以最快的速度定位到相应的位置。

  • 通过 Obsidian 的 Citations 插件 实现

    在设置→ 第三方插件 → 社区插件中搜索 Citations，安装，启用。如果因为网络条件无法在插件市场中安装的话，可以通过 Github 下载该插件，将文件夹置于 Obsidian 根目录下的 Plugins 文件夹下。

    在 Zotero 中选择导出文献库，格式选择 Better BibLaTex，选中 导出笔记和 Keep updated。 image-20211025191438800

    在 Obsidian 中 Citations 设置界面下，参考的数据库格式也同样选择 BibLaTex，再在文件路径中选择刚刚导出的文件，这时 Obsidian 会自动读取文献库文件，并提示更新了 xx 条数据。

    image-20211025191703096

    文献笔记文件夹可以按照默认设置，即在 Obsidian 的根目录下新建一个 Reading notes 文件夹，导出的笔记就存在于这个文件夹下。也可以按照自己的喜好，随意新建一个文件夹。如果不设置的话，会直接存在于根目录下。

    当 Citations 插件成功读取导出的文献库中的记录时，已经可以通过快捷键搜索到文献库中的文献了。Ctrl+Shift+O 可以打开文献库。输入任意文字后搜索可以直接选中文献，进行导入。导入的格式在 Citations

    插件的设置页中可以设置，包括标题、作者、DOI号、出版年、url、页码等。

    设置的具体模板如下:

    ## 元信息
标题：**{{title}}**
作者：**{{authorString}}**
DOI: *{{DOI}}*
出版年：{{year}}
页数：{{page}}
Url：[链接]({{URL}})
---
## 笔记
{{note}}

    最终在 Reading notes下新建了一个文件，命名为 @huang2020 ，内容如下：

    image-20211025194126944

    这种方法虽然更为简单，但是感觉没有上面一种美观。而且无法直接创建一个打开pdf 文件的链接，只能通过下方的笔记中的链接打开 pdf 文件。

    Citations 插件还支持其他几种用法，如

    • Ctrl+Shift+E ，可以直接插入指定文献的笔记，当记不得作者和年份，但是对标题或者期刊有印象时，可以通过这种方法搜索并插入。
    • Ctrl+P 打开命令行，输入“Citations”，选择 Insert literature note content in the current pane 可以直接将文献笔记的内容插入到当前的文件中。
    • Ctrl+P 打开命令行，输入“Citations”，选择 Insert Markdown citation 可以插入可以被 Pandoc 识别的参考文献格式。

后期文献回顾、整理建立双链

当文献的元信息、阅读过程中的高亮和注释都被导入到同一处之后，就可以在 Obsidian 中进行回顾、链接。利用双链和网络图可以将不同的文献、想法连接在一起，从而践行 Zettelkasten 的笔记理念。

总结

通过 Zotero 的插件解决了 PDF 文件中的高亮和注释难以导出的问题，而利用 Mdnotes 或者 Better BibTex 和 Obsidian 插件的结合可以将文献的元信息和笔记自动导入到 Obsidian 中，以便于在 Obsidian 中进行知识的循环和链接，有效实现了文献阅读的闭环。